L'université d'Alger tire son origine d'une série de créations, dans la seconde moitié du xixe siècle. Le gouvernement général colonial avait proposé l’enseignement bilingue des trois medersas officielles, fondées en 1850 pour former le personnel musulman du culte, de la justice et de l’administration. Puis créé la division supérieure de la medersa d’Alger (qui sera transformée en 1946 en Institut d’Études Supérieures Islamiques). Une étape importante, dans le cadre de la grande réforme universitaire de la IIIe République française, fut la loi de 1879 qui créa quatre Écoles Supérieures spécialisées à Alger : médecine, pharmacie, sciences, lettres et droit.
L'université d'Alger se composait de huit facultés:
Faculté des sciences regroupant quartes départements : sciences de la nature et de la vie, sciences de la matière, mathématiques et informatique situées au niveau de Alger-Centre rue Didouche Mourad (l'ancienne bâtisse de l'université d'Alger) et le département d'architecture située à Tafourrah.
Faculté de droit (à Said Hamdine).
Faculté des sciences économiques, des sciences commerciales et des sciences de gestion (à Dely Ibrahim).
Faculté de médecine regroupant trois départements : médecine, pharmacie et chirurgie dentaire (située au niveau de Alger-Centre rue Didouche Mourad - l'ancienne bâtisse de l'université d'Alger - en plus de deux annexes, une à Dergana (Bordj El Kiffan) et l'autre à la Perrine (Sidi M'hamed) et la nouvelle faculté de médecine à Château-neuf (Ben Aknoun).
Faculté des sciences sociales et humaines (Bouzareah).
Faculté des sciences politiques et de la communication (Beni Messous et Ben Aknoun).
Faculté des lettres et langues (Alger-Centre et Bouzareah).
Faculté des sciences islamiques de Kharouba (ar) (El Magharia).
En 2009, l'université d'Alger a été subdivisée en 3 universités affiliées : l'université d'Alger I, l'université d'Alger II, et l'université d'Alger III..
