L'Université Catholique de Bukavu (UCB) a vu le jour par le décret du 21 novembre 1989 de Son Excellence Mgr Aloys Mulindwa Mutabesha, Archevêque de Bukavu, décret conforme au Code de droit canonique, en ses canons 807 à 814, et à la Constitution Apostolique Ex corde Ecclesiae du 15 août 1990 relative aux universités catholiques et aux instituts supérieurs.
L'UCB a été effectivement ouverte le 15 novembre 1990. Elle a fonctionné sur la base de l'Arrêté n° ESURS/CABMIN/1231/91 du ministère de l'Enseignement Supérieur et Universitaire et de la Recherche Scientifique.
Les arrêtés n°ESURS/CABMIN/0313/92 et ESURS/CABMIN/A5/175/95 ont agrée et reconnu les diplômes délivrés par l'Université Catholique de Bukavu.
L'agrément définitif a été accordé par le décret présidentiel n°06/106 du 12 juin 2006.
